當前位置:首頁 > 科研服務 > 表觀遺傳學 > CHIRP

CHIRP

RNA綁定的DNA和蛋白相互作用:CHIRP


實驗意義

lncRNA可與蛋白質、DNA和RNA相互作用,實現多樣化功能,CHIRP可以探討lncRNA與其互作的DNA、蛋白質的功能與作用機制,是相關科學研究工作的有力工具。lncRNA的研究在表觀遺傳調控等生命活動中發揮重要作用,CHIRP是研究lncRNA的重要技術手段,可在全基因組范圍內鑒定RNA與染色質的互作,并對其進行定性、定量及定位的分析。


實驗原理及流程

CHIRP(Chromatin Isolation by RNA Purification)是通過結合生物素的核酸探針,將目標RNA拉下來,與之共同作用的DNA染色體片段(DNA與蛋白質復合體)就會被吸附下來,最后可以通過qRT-PCR、WB、測序分析和質譜分析等檢測RNA、DNA和蛋白質。CHIRP的流程主要是①探針設計:設計反義寡核苷酸探針;②細胞培養;③破碎細胞;④生物素標記的DNA探針與RNA雜交;⑤CHIRP;⑥RNA、DNA及核酸結合蛋白提取;⑦分析檢測。


結果展示[1]

chip1.png


chip2.png

 

實驗完成周期及交付標準

1. 實驗周期:1-3個月

2. 交付標準:CHIRP鑒定結果報告、分析報告、實驗報告(試劑、耗材、實驗步驟)、原始數據等

 

實驗需與客戶確認的信息

1. 目的基因與蛋白信息。

2. 樣本類型與種屬

3. 是否需要生信分析

 

參考文獻

[1] Iyer S , Modali S D , Agarwal S K . The Long Non-Coding RNA MEG3 is an Epigenetic Determinant of Oncogenic Signaling in Functional Pancreatic Neuroendocrine Tumor Cells[J]. Molecular and Cellular Biology, 2017:MCB.00278-17.

[2] Chu C , Chang H Y . Understanding RNA-Chromatin Interactions Using Chromatin Isolation by RNA Purification (ChIRP).[J]. Methods in Molecular Biology, 2016, 1480.

[3] Zhu J J , Fu H J , Wu Y G , et al. Function of lncRNAs and approaches to lncRNA-protein interactions[J]. Science China Life Sciences, 2013, 56(10):876-885.


圖片1.png

匯聚科研工匠·引領醫學轉化

英雄吕布彩金