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甲基化檢測

甲基化檢測

DNA的甲基化(Methylation)是最早發現的基因表觀修飾之一,甲基化僅修飾胞嘧啶,DNA的甲基化修飾是在DNA甲基化轉移酶的作用下使CpG雙核苷酸5'端的胞嘧啶轉變為5'-甲基胞嘧啶,由于CpG島主要位于基因的啟動子和第一外顯子區域,其甲基化修飾通常抑制基因的表達,去甲基化后基因重新活化和表達。DNA甲基化修飾方式在不改變基因序列的前提下實現對基因表達的調控。


主要檢測方式

1. MSP: 甲基化特異性PCR(Methylation-specific PCR)即用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,未甲基化的胞嘧啶被轉化為尿嘧啶,甲基化的胞嘧啶不會發生改變,設計針對甲基化序列的引物進行PCR擴增,然后通過電泳等檢測手段檢測MSP擴增產物來確定位點是否存在甲基化。


2. BSP:亞硫酸氫鹽測序法(Bisulfite sequencing PCR)與MSP相似,用亞硫酸氫鹽將未甲基化胞嘧啶轉化為尿嘧啶,設計BSP引物進行PCR,擴增中尿嘧啶全部轉化為胸腺嘧啶,對PCR產物進行測序來判斷CpG位點是否甲基化。


3. HRM:高分辨率溶解曲線法(High Resolution Melting)原理也是用亞硫酸氫鹽處理,未甲基化的胞嘧啶經PCR擴增變成胸腺嘧啶,樣品中的GC含量發生變化從而溶解溫度發生變化,從而確定位點是否發生甲基化。


基于限制性內切酶的測序方法:

靶向富集甲基化位點的測序方法

SMRT測序法

 

結果展示

Assay Name: miR-152-S1(8CpG)

Sample ID: Si

Note: 

甲基化1.png

Assay Name: miR-152-S1(8CpG)

Sample ID: NC

Note: 

甲基化2.png

實驗完成周期及交付標準

1. 實驗周期:3-5周

2. 交付標準:甲基化檢測結果、實驗報告(實驗步驟、試劑、儀器等)

 

需確認的信息

1. 目的基因及種屬

2. 樣本類型(細胞、組織、血液等)

3. 目的基因片段

 

參考文獻

[1] Sato S , Uemoto Y , Kikuchi T , et al. SNP- and haplotype-based genome-wide association studies for growth, carcass, and meat quality traits in a Duroc multigenerational population[J]. Bmc Genetics, 2016, 17(1):60.

[2] Ichikawa K , Tomioka S , Suzuki Y , et al. Centromere evolution and CpG methylation during vertebrate speciation[J]. Nature Communications, 2017, 8(1):1833.

[3] Yang Y , Scott S A . DNA Methylation Profiling Using Long-Read Single Molecule Real-Time Bisulfite Sequencing (SMRT-BS)[J]. Methods Mol Biol, 2017, 1654:125-134.

[4] Yang Y , Sebra R , Pullman B S , et al. Quantitative and multiplexed DNA methylation analysis using long-read single-molecule real-time bisulfite sequencing (SMRT-BS).[J]. Bmc Genomics, 2015, 16(1):350.


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