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RNA Pulldown、DNA Pull-down

實驗意義

核酸與蛋白質的互作是細胞功能的核心,包括蛋白質合成、mRNA組裝等生命活動中重要的代謝過程,研究核酸與蛋白質的互作是研究生命科學的基本工具。


實驗原理及步驟

RNA Pull-down:通過體外轉錄RNA并用生物素進行標記,然后與胞漿蛋白混合物共同孵育形成RNA-蛋白質復合物,然后用鏈霉親和素標記的磁珠分離純化該復合物(利用生物素與鏈霉親和素的非共價親和作用),洗脫后進行檢測,如果檢測蛋白為已知蛋白可通過WB進行鑒定,如果檢測未知蛋白則可以結合質譜進行鑒定。流程為提取細胞胞漿蛋白樣品液→體外轉錄合成生物素標記RNA→共孵育→磁珠純化→洗脫得到互作蛋白→WB或質譜鑒定。

DNA Pull-down:通過合成標記有生物素的DNA片段,與細胞核蛋白混合物共同孵育形成DNA-蛋白質復合物,然后用鏈霉親和素磁珠純化,WB或者質譜進行檢測鑒定。流程為提取核蛋白樣品液→合成生物素標記DNA→共孵育→磁珠純化→洗脫得到互作蛋白→WB或質譜鑒定。


結果展示

RNA Pull-down

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DNA Pull-down

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實驗周期及交付標準

1. 實驗周期:1-2個月

2. 交付標準:

RNA Pull-down:探針序列、X光片、實驗報告(實驗步驟、試劑、儀器等)

DNA Pull-down:探針序列、X光片、實驗報告(實驗步驟、試劑、儀器等)

 

需確認信息

1. 目的基因種屬及ID號

2. 基因序列信息

3. 樣本種屬及類型

4. 樣本數量

5. 分析要求

 

參考文獻

[1] Chen R , Liu Y , Zhuang H , et al. Quantitative proteomics reveals that long non-coding RNA MALAT1 interacts with DBC1 to regulate p53 acetylation[J]. Nucleic Acids Research, 2017, 45(17):9947-9959.

[2] Tran D H , Shishido Y , Chung S P , et al. Identification of DNA-binding proteins that interact with the 5'-flanking region of the human D-amino acid oxidase gene by pull-down assay coupled with two-dimensional gel electrophoresis and mass spectrometry.[J]. Journal of Pharmaceutical & Biomedical Analysis, 2015, 116:94-100.


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